（一）忽视高新技术企业所得税的优惠规划
在高新技术企业认定之后，企业在充分享受国家给予的所得税政策之前，需要对其进行详细备案，填写研发费用的具体明细等信息。若是在企业认定之后忽略了备案工作，就会出现享受不到国家给予的所得税优惠政策的风险。
（二）高新技术企业资格审核不合格
企业在获取到高新技术企业的资格证以后，时隔三年就需要进行一次复审，依据复审需求来提供资料。若是所提供的资料不满足高新技术企业的复审要求，就需要对高新技术企业的资格证给取消掉，进而出现补缴税款的风险。
（三）财务处理的不规范
1.会计核算方面不够规范，没有建立研发支出账户。高新技术企业对科研项目进行研究时所花费的项目，是需要构建一个单独的研发支出科目，来进行单独核算，并且把开发支出与研究支出这两方面进行分别核算，应该给予一些资本化与费用化的研究资金。若是企业利用下设研发支出或是管理费用科目进行核算，就无法准确对费用化、资本化的金额进行划分，依据我国扣除管理方法中有关规定，未建立专账管理费用，在费用归集方面不准确，致使其无法享受所得税优惠，进而存在涉税风险。
2.高新技术服务销售的收入并未进行单独核算。高新技术企业对高新技术产品要求收入单独核算，若是与其他非高新技术产品销售收入不能有效分开，这对于资格审查以及认定有巨大影响，进而出现涉税风险。
3.研发费用未依据项目标准来进行准确归集。高新技术企业在含有多个研发项目时，若是把其他项目费用分给创新性项目，这就致使了高新技术企业的研发项目的费用有所增加，提高了加计扣除的基数，进而出现涉税风险。
（四）过分追求认定指标
1.在研发人员在确认方面不够准确。高新技术企业主要发展条件就是企业研发人员的确定，企业从事研发或是有关技术创新活动的科技人员占企业职工总数的百分之十。因为企业中从事研发方面的工作人员较少，这便充分反映出了学历证明以及工资薪金等不够全面，造成科研人员在进行确认时也不够充分，此种现象对于高新技术企业在复审过程中极为不利，会存在一定涉税风险。因此需要加大对研发人员的确认程度，才会有效的控制涉税风险发生。
2.研发费用的占比不够合理。高新技术企业关键条件之二就是企业的研发费用，企业在不断进行研发工作中，研发费用一定要符合企业的费用总额在销售总额中的比例，依据企业的销售收入额度来对其占比进行确定，销售额越高所占据的比例越小。诸多企业为了满足高新技术企业的条件，将一些不是高新技术产品获取的成本费用也尽量的放在研发费用中，基于此来扩增研发费用的归集范围，进而影响研发期间的费用归集，进而出现涉税风险。
3.在高新技术产品的销售在确认上不够合理。高新技术企业关键条件之三就是对于高新技术服务收入以及技术性收入需要在企业总额的百分之六十以上。一些企业为了获取客户信任，进而赢得市场主体地位，时常会出现夸大企业规模，虚报高新技术服务收入，进而出现涉税风险。